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“En biotecnología también se programa”

22/07/2014
“El manejo de grandes volúmenes de datos es cada vez más común y se necesita gente que pueda manejar esa información. Es muy importante que la informática ayude a la biología”, explica Federico Machado, licenciado en Biotecnología.

Licenciado en Biotecnología, Federico Machado“El manejo de grandes volúmenes de datos es cada vez más común y se necesita gente que pueda manejar esa información. Es muy importante que la informática ayude a la biología”, explica Federico Machado, Licenciado en Biotecnología.

Él y su compañero de tesis, Roque Giordano, desarrollaron cinco programas que permiten mejorar la práctica diaria del trabajo en el laboratorio y que demuestran que “en biotecnología también se programa”, como apunta Machado.

Pese a que la biotecnología implica procesos hiperespecializados y altamente tecnificados, hay tareas y análisis que requieren de pasajes manuales de información o que se realizan de forma mecanizada. La introducción de la informática en esos procesos previene errores y acorta tiempos de trabajo, por lo que resulta una herramienta valiosa y necesaria.

“En una práctica de laboratorio teníamos que estar haciendo una tabla en Excel una y otra vez y pasando datos para obtener el resultado de un estudio. Nos dimos cuenta de que no era necesario”, cuenta Giordano. “Ahí surgió la idea de la tesis, que en principio era crear un solo software”.

El resultado, sin embargo, fue mucho más fértil que un solo programa, ya que del proceso de la tesis salieron cinco:  PlaqueReader, LabAdmin, PrimerVerifier, BatchPrimerMaker y SeqEditor. Todos mantuvieron el mismo objetivo: “generar algo usable que brindara una solución práctica a problemas que surgen en el laboratorio”, según afirman ambos.

Cada programa es una herramienta independiente del resto de la suite, con funciones específicas. Todos se desarrollaron con Java y en base a software libre, para que cualquiera pueda descargarlos y usarlos.

PlaqueReader

Este programa toma los datos de concentración de una muestra que brinda un equipo llamado multiskan y automáticamente genera la gráfica correspondiente a esos datos, además de interpolar los datos desconocidos.

Antes de desarrollarlo, se generaba una tabla en una hoja de cálculo para realizar la gráfica y los datos desconocidos se interpolaban de la gráfica utilizando cálculos que se realizaban con la fórmula de la ecuación de la recta. Esta práctica, larga, tediosa y que puede generar muchos errores en el proceso cuando se hace reiteradamente, es lo que evita el PlaqueReader.

LabAdmin

Es un gestor de inventario de laboratorio. Permite crear y ver un mapa del laboratorio con muebles y separaciones por zona para a cada una asignarle materiales y sustancias, y así saber dónde se encuentran.

PrimerVerifier: este programa complementa el trabajo del anterior. A partir de la información digital de una muestra y de un par de primers, el software revela el resultado de la reacción en cadena de la polimerasa.

Así, anticipa si el ADN se va a multiplicar o no y, además, avisa de antemano si un primer puede llevar a un falso positivo replicando el ADN pero por duplicar otros nucleótidos de la muestra y no los que a priori se buscaba. De esta forma contribuye a evitar errores.

BatchPrimerMaker

Es un programa centrado en el uso de primers, que son secuencias de nucleótidos con características especiales que hacen que en determinadas condiciones -cuando se los aplica en la técnica de reacción en cadena de la polimerasa (PCR)- sirvan para reproducir el ADN de una muestra.

Cada sustancia puede tener primers específicos. Por eso si un primer reproduce determinado ADN sirve para demostrar la presencia de esa sustancia.

Lo que hace PrimerVerifier es a partir de una secuencia de nucleótidos y de los parámetros que establece quien lo utiliza crear automáticamente los primers para esa secuencia. Así brinda una lista con los primers posibles y otros datos útiles para el estudio, como los tamaños y las secuencias de nucleótidos de los fragmentos.

SeqEditor

Es un gestor de secuencias de nucleótidos que traduce de nucleótidos a aminoácidos y realiza cálculos relacionados. Para realizar esos cálculos, previo al desarrollo del software, los estudiantes debían utilizar programas externos complejos o librerías de programación cuyo funcionamiento interno es desconocido por ellos.

Este programa permite realizar esos cálculos sin recurrir a ellas y utilizando una fuente de código abierto y confiable para los cálculos.

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